La Corte Constitucional de manera reiterada ha protegido los derechos a la salud, a la vida digna y a la identidad sexual de las personas transgénero, que estén tramitando su proceso de reasignación de sexo. 

La Corte ha señalado que para que las personas transgénero puedan acceder a un procedimiento quirúrgico de reafirmación de identidad sexual y de género, a través del sistema de salud, es necesario que sean valoradas por su médico tratante, que para el efecto es la junta médico multidisciplinaria que se compone para hacer la valoración y seguimiento en cada caso concreto.  

La cirugía de reasignación de sexo y los demás procedimientos quirúrgicos que requiera y sean prescritos por su médico tratante adquieren un carácter funcional, en tanto pretendan reafirmar la sexualidad del accionante, elemento esencial de su identidad y condición para garantizar el derecho a la salud de forma integral, a fin de que se le pueda garantizar bienestar emocional, físico y sexual.  Por tanto, la EPS no puede imponer barreras de acceso al servicio a los afiliados.  

En varios pronunciamientos se ha señalado que la salud debe ser considerada más allá de la ausencia de enfermedades, pues trasciende los aspectos meramente físicos y funcionales del cuerpo, comoquiera que también incluye el bienestar psíquico, emocional y social de los individuos.