El Ministerio de trabajo ha sostenido que en relación con el pago de parafiscales cuando un trabajador se encuentra incapacitado, la EPS o la ARL, según sea la naturaleza y el origen del problema de salud que origina la incapacidad, paga un auxilio económico que no tiene la connotación de salario, y en ese sentido no hay lugar al pago de aportes parafiscales por los pagos correspondientes a la incapacidad, ya sea por enfermedad general o profesional.

El auxilio por incapacidad se ha definido como el reconocimiento de la prestación de tipo económico y pago de esta que hacen las EPS o ARL, por todo el tiempo en que estén inhabilitados física o mentalmente para desempeñar en forma temporal su profesión u oficio habitual.

En este orden de ideas, sostiene el Mintrabajo, si el pago de los aportes parafiscales se efectúa sobre el valor de la nómina mensual por salarios y demás conceptos que integran el salario, deberá entenderse que no existe obligación legal para el empleador, de liquidar y pagar los aportes parafiscales respecto de los trabajadores que se encuentren en incapacidad temporal. Es claro entonces que en periodo de incapacidad no hay lugar al pago de los aportes parafiscales, por cuanto el auxilio económico que se paga no tiene la naturaleza de salario ni de descanso remunerado.